明治２年(1869),７月,開拓使が設置される
,９月,開拓使出張所が函館に開庁する
明治４年(1871),４月,札幌が開拓使の本庁となる
,８月,開拓使顧問ホーレス・ケプロンが開拓次官黒田清隆に「文房」（図書館）と「博物院」（博物館）の設立を提案する
,９月,文部省に博物局が設置される（その後内務省・農商務省・宮内省の管轄となる）
,10月,湯島大成殿を博物局展覧場にする（東京国立博物館・国立科学博物館の前身）
明治５年(1872),７月,天神社（現船見町）内で開拓使収集北海道物産の展覧会を開催（ウィーン万博出品資料を展示）
明治６年(1873),５月,ウィーン万博が開催される
明治８年(1875),?６月,開拓使東京出張所構内に北海道物産縦覧所が設置される
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,,文部省が東京博物館を湯島に再開（10年に教育博物館、昭和６年に東京科学博物館と改称、現国立科学博物館）
明治９年(1876),２月,北海道物産縦覧所が開拓使東京仮博物場と改称される
明治10年(1877),,札幌仮博物場が開場する（北海道最初の博物館）
明治11年(1878),３月,函館公園の造成が開始される
,５月,開拓使函館仮博物場の建設が函館公園内において開始される
明治12年(1879),５月,函館仮博物場が開場する（現存する北海道最古の博物館施設）
,11月,函館公園の開園式が行われる
明治14年(1881),５月,開拓使東京出張所廃止にともない東京仮博物場が廃止され、所蔵資料が函館仮博物場・札幌仮博物場・札幌農学校・教育博物館に移管される
明治15年(1882),２月,開拓使が廃止され、札幌・函館・根室の３県が設置され、函館仮博物場は函館県博物場となる
,３月,上野博物館が開館する（22年帝国博物館、33年東京帝室博物館と改称、現東京国立博物館）
明治17年(1884),６月,札幌仮博物場が廃止され札幌博物場が開場する(現北海道大学農学部附属植物園内)
,８月,函館県第二博物場が開場する(函館仮博物場は第一博物場となる)
明治19年(1886),７月,札幌博物場が札幌農学校に移管される
明治22年(1889),１月,三県廃止・北海道庁設置にともない、函館県第一・第二博物場は道庁所管となる
明治24年(1891),３月,函館博物場の管理が函館区に委任される
,５月,帝国京都博物館・帝国奈良博物館が開館する
,６月,函館第二博物場が庁立函館商業学校の商品陳列場となる
,７月,庁立水産陳列場が函館公園内に開館する(管理は函館区)
明治25年(1892),３月,函館第一博物場が庁立函館商業学校の商品陳列場となる
,４月,函館第一・第二博物場が庁立函館商業学校附属商品陳列場と改称
明治28年(1895),３月,庁立水産陳列場が廃止され４月から函館区立水産陳列場となる 庁立函館商業学校が廃止され商品陳列場が４月に開校した庁立函館中学校に引き継がれる
,６月,商品陳列場が函館区に払い下げられ水産陳列場と合わせて区立の函館水産陳列場となる (函館仮博物場が第一館、函館県第二博物場が第二館、水産陳列場が第三館となる)
明治34年(1901),４月,函館水産陳列場第三館が廃止される
大正11年(1922),８月,函館区が市制施行により函館市となる
昭和７年(1932),８月,函館水産陳列場第一館に水産館、第二館に先住民族館の看板が揚げられる
昭和23年(1948),７月,市立函館博物館設置条例が制定され、事務室が市立函館図書館におかれる
昭和25年(1950),12月,博物館の建設が開始される(現市立函館博物館本館)
昭和26年(1951),12月,博物館法制定
昭和27年(1952),５月,博物館法に基づき市立函館博物館条例が制定される
昭和30年(1955),６月,市立函館博物館五稜郭分館が開館する
昭和38年(1963),７月,函館仮博物場・函館県第二博物場・旧金森洋物館が北海道指定文化財に指定される
昭和41年(1966),４月,市立函館博物館本館が開館する
昭和44年(1969),11月,市立函館博物館郷土資料館(旧金森洋物館)が開館する
昭和45年(1970),10月,市立函館博物館友の会設立
昭和54年(1979),５月,函館博物館百年記念展開催
昭和57年(1982),９月,函館市北洋資料館開館
平成元年(1989),11月,函館市北方民族・石川啄木資料館開館
,,※平成5(1993)年から函館市北方民族資料館と函館市文学館に分離・開館
平成12年(2000),10月,市立函館博物館郷土資料館新装開館
平成14年(2002),７月,ロシア沿海地方国立アルセニエフ博物館（ウラジオストク市）と姉妹提携締結
平成19年(2007),11月,市立函館博物館五稜郭分館閉館